Notizen

DPD reagiert selektiv mit Proteinen

(4S)-4,5-Dihydroxy-2,3-pentandion (DPD) glyciert Antibiotika (Gramicidin S), Nukleotide, ssDNA und Proteine in einer nichtenzymatischen Reaktion, wie Tsuchikama et al. entdeckten. Die Modifizierung durch DPD verläuft ähnlich wie die Reaktion von Zuckern, indem sich eine Schiffbase bildet; es folgt eine Amadori- oder Heyns-Umlagerung. Mit DPD behandelte virale DNA hat ein geringeres Transfektionspotenzial als unbehandelte DNA, was auf eine neue physiologische Rolle von DPD hinweist. Dass Reaktionen von DPD mit primären Aminen zu instabilen á,â-Diketonen führen, war bisher in situ schwierig zu verfolgen. Die Autoren setzten daher ihre Zielproteine mit DPD und einem Diaminobenzol-Biotin-Tag um, um das intermediäre á,â-Diketon in einer irreversiblen Reaktion in ein 1,4-Diazanaphthalinderivat umzuwandeln. Dadurch ließen sich bakterielle Proteine aus Salmonella typhimurium durch DPD-Konjugate anreichern, visualisieren und anschließend massenspektrometrisch analysieren. Überprüfen der Labeling-Effizienz ergab, dass DPD mit Proteinen aufgrund ihrer 3-D-Struktur und Oberflächenbeschaffenheit selektiv reagiert. Auch wenn die Labeli

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