Einfach und frei: Protein‐Ligand‐Docking

Algorithmen des molekularen Dockings sind Standardwerkzeuge der medizinischen Chemie. Sie dienen der In-silico-Vorhersage der Bindung arzneistoffähnlicher Moleküle an Target-Proteine und deren Konformation. Die Praxis fordert dabei eine genaue Vorhersage für wenige Verbindungen und eine schnelle Bewertung vieler Moleküle innerhalb virtueller Substanzdatenbanken: das virtuelle Screening. Aus mathematischer Sicht handelt es sich hierbei um ein kontinuierliches, mehrdimensionales Optimierungsproblem, das aus praktischen Erwägungen nur approximativ lösbar ist. In der Regel versucht dabei ein Verfahren, eine Zielfunktion zu optimieren, die Protein-Ligand-Wechselwirkungen beschreibt.

Beim Großteil vieler Dockingprogramme handelt es sich um kommerzielle und proprietäre Software, also solche, deren Quellcode der Nutzer nicht ändern darf. Das Softwarepaket Paradocks¹ bietet hingegen eine freie und modulare Open-source-Bibliothek für molekulares Modellieren, speziell das Protein-Ligand-Docking. Definiert sind möglichst allgemeingültige und damit flexible Komponenten und Schnittstellen, um eine einfache Erweiterbarkeit des Quellcodes zu garantieren.

Die Paradocks-

Blickpunkt