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Biomarker für den Zustand einer Zelle

Nachrichten aus der Chemie, Oktober 2011, S. 983-984, DOI, PDF. Login für Volltextzugriff.

Von Wiley-VCH zur Verfügung gestellt

Quantitative Polymerase-Kettenreaktion (qPCR) in Echtzeit liefert das Verhältnis von mitochondiraler DNA (mtDNA) zu nukleärer DNA (nDNA). Beispiele sind die Bestimmung der Mitochondrientoxizität und Beobachtung der Differenzierung von Stammzellen zu Leberzellen (Hepatozyten).13

Versuchsmethoden

Das Novaquant-Kit von Merck Millipore diente zur empfindlichen und linearen Detektion von mitochondrialen und Wirtszellgenen. Dazu wurden für zwei humane mitochondriale (ND1, ND6) und zwei nukleäre Gene (BECN1, NEB) spezifische PCR-Primer mit sehr ähnlicher Amplifikationseffizienz erzeugt. Eine bioinformatische Analyse identifizierte im mitochondrialen Genom Bereiche ohne signifikante Homologie im nukleären Genom. Aus diesen Bereichen ergaben sich die PCR-Primer für die mitochondrialen Gene.

Kalibriert wurde das Assay mit Gesamt-DNA aus humanen Osteosarkom-143B-Zellen und einem Derivat ohne Mitochondrien (143B q0). Sowohl 143B- als auch 143B-q0-Zellen liefern die gleichen Cycle-threshold(Ct)-Werte für nukleäre Gene; mitochondriale Gene waren in den 143B-q0-Zelllinien nicht nachweisbar.

PCR-Primerpaare wurden auf durchsichtigen 96-Wel

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