Gesellschaft Deutscher Chemiker

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Komplexe chemische Systeme realistisch modellieren

Nachrichten aus der Chemie, November 2013, S. 1095-1096, DOI, PDF. Login für Volltextzugriff.

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Prozesse in komplexen chemischen Systemen verlaufen im Allgemeinen auf verschiedenen Längen- und Zeitskalen. Beispiel: Bei enzymatischen Reaktionen werden chemische Bindungen an einer bestimmten Stelle im aktiven Zentrum des Proteins gebrochen und geknüpft; die damit einhergehenden schnellen Änderungen der Elektronenstruktur lassen sich nur mit der Quantenmechanik (QM) beschreiben. Bei der Reaktion bewegen sich auch die Atome im aktiven Zentrum und in der näheren Proteinumgebung. Die Kerne sind aber deutlich langsamer als die Elektronen, und sie folgen in guter Näherung den Gesetzen der klassischen Molekülmechanik (MM). Gegen Anfang und Ende einer enzymatischen Reaktion, also bei der Aufnahme des Substrats in die Bindungstasche und bei der Freisetzung des Produkts, bewegen sich ganze Domänen auf großer Zeitskala und relativ langsam. Diese Bewegungen der Domänen lassen sich durch eine mesoskopische Dynamik größerer Untereinheiten des Enzyms simulieren.

In komplexen chemischen Systemen gibt es somit verschiedene Ebenen der theoretischen Beschreibung. Die Quantenmechanik ist zwar anerkanntermaßen die korrekte Theorie für die Chemie, aber der Rechenaufwand

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